朱元璋亲自设计、制定了几项重要的政治制度，对以往政治制度进行了大胆的变革和创新。
洪武十三年，以宰相胡惟庸谋反伏诛，朱八八同学于是废去丞相一职，子孙不得复立。
秦、汉以来实行一千六百馀年的丞相制度自此废除，六部直接向皇帝负责，相权与君权合而为一。
明朝皇帝大权独揽，在世界政治史上只有路易十四时期的朕即国家可以类比。
在世界政治史上明朝的政治体系也属于罕见的专制政体，施行军权、行政权、监察权三权分立的国家体制，后期由于监察权被废止，国体失衡很快衰败。
由于国家事务繁多，皇帝无法处理，洪武十五年九月罢四辅官，仿宋殿阁制设内阁。其后的清朝也大多继承明朝的政治制度。
内阁只为皇帝的顾问，相当于幕僚长的职务，但后来内阁的地位逐渐提高，内阁首辅成为事实上的宰相，“虽无宰相之名，但有宰相之实”。
奏章的批答为皇帝的专责。内阁大学士一职多以硕德宿儒或朝中大臣担任，只照皇帝的意旨写出，称“传旨当笔”，权力及地位远远不及过去的宰相，只有黑市地位，而没有法定地位。
宣宗（朱瞻基）时期，由于杨溥、杨士奇、杨荣等三杨入阁，宣宗批准内阁在奏章上以条旨陈述己见，称为“票拟”制度，又授予宦官机构司礼监“批朱”。票拟之法补救可君主不愿面见阁臣之弊，但内阁大臣与皇帝沟通，全赖司礼监。
由是开启明朝宦官专政之大门。
为加强对全国臣民的监视，明太祖还设立特务机构锦衣卫，明成祖又设立东厂，明宪宗再设西厂，合称“厂卫”，由宦官统领，自此明朝宦官之权势无以复加。
文官集团的崛起和成熟，逐渐成为左右朝廷政策的强大力量，甚至皇帝本人在面对这种朝臣的压力之时，也不能不有所顾忌。
到了弘治以后，情况就已经是明朝皇帝没有办法控制的了。
皇帝已经变成了权力的来源和象征，但他们做任何的事情都已经没有办法自由。
比如武宗南巡，权力意识大增的大臣们全体反对。
嘉靖的大礼仪事件、万历的国本之争。
此时，明朝的皇帝们已经变成了退居幕后的国家最高统治者，但是行政权已经几乎完全的落在了内阁和六部的手里。
以都察院御史和六科给事中组成的言官队伍，这批人在本朝品位虽卑，但政治地位却很高，在历次政治运动中都发挥了关键的作用；他们上则规谏皇帝，左右言路，下则弹劾、纠察百司、百官，巡视、按察地方吏治等。
大凡从中央到地方各级衙门，从皇帝到百官，从国家大事到社会生活，都在言官的监察范围，既威慑百官安分守道、各司其职，也要求皇帝本人的所作所为应该符合天道本身。
除了言官之外，翰林院、六部、内阁等官员也多次成为诤谏刺劾的主力军。
1577年，张居正父亲去世，按例应回乡丁忧，然而在皇帝挽留下夺情留任；朝中其他大臣认为本朝以孝为大，张居正不应眷念职位。愤怒的官员决定参劾首辅大臣。先是两位翰林，后是两位刑部官员，冒着受到皇帝严厉处罚的风险，上奏参劾张居正。虽然四位官员果然受到杖刑，却在朝内赢得了忠臣的好名声。
这也不是皇帝昏庸和懒惰造成的，明朝中期的很多皇帝们都因为要权力和大臣们进行过殊死的斗争，皇帝是权力的来源，他可以给人权力也可以剥夺权力，并且掌握人的生死，这是他唯一可以威胁大臣的地方。
但是偏偏明朝的大臣不怕死，而皇帝撤换了一个大臣，会有更多的大臣站出来维护这个集体的权力。